Susurluk kazası sırasında İçişleri Bakanı olan Ağar gelen tepkiler üzerine istifa etti. İstanbul DGM Başsavcılığı Ağar hakkında, Sedat Edip Bucak ile 6 yıldan 12 yıla kadar ağır hapis cezasıyla dava açtı. 10 Ocak 1998’de DGM’de üç saat süreyle sanık sıfatıyla ifade verdi. Ağar, ifadesinde kayıp silahlar konusunun devlet sırrı olduğunu ileri sürdü ve ancak Yüce Divan tarafından yargılanabileceğini söyledi.
Ağar, 15 Haziran 2000 tarihinde ise 'Suç işlemek amacıyla teşekkül oluşturmak' iddiasıyla hakkında oluşturulan Meclis Soruşturma Komisyonu tarafından 8’e karşı 6 oyla Yüce Divan’a sevkine gerek olmadığına karar verilerek aklandı. Ağar, Kasım 2008’de tekrar yargılanmaya başladı. 15 Eylül 2011 günü; Ankara Özel Yetkili 11’inci Ağır Ceza Mahkemesi, Adalet Bakanlığı, İçişleri Bakanlığı, parti liderliği, Valilik ve Emniyet Genel Müdürlüğü yapan Mehmet Ağar’ın 'suç örgütü yöneticisi' olduğuna karar verdi ve Susurluk davasında 5 yıl hapse mahkûm etti. 5 yıllık cezanın 3 yılını infaz yasası nedeniyle yatmış gibi kabul edilen Ağar geriye kalan iki yıl cezasını yatmak üzere Aydın iline bağlı Yenipazar ilçe cezaevini seçmişti.
İki yıllık cezasının bitmesine henüz bir yıl kalan Ağar kamuoyunda 3. Yargı Paketi olarak bilinen yasada yer alan denetimli serbestlik hakkında yararlanarak cezasının bitmesinden 361 gün önce tahliye edildi. Ağar’ın ismi son olarak Sedat Peker’in ifşalarında geçti. Peker “derin devletin başı” dediği Ağar’ı Yalıkavak Marina’ya çökmekle suçladı.