Kasım 2025’te TFF Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu (PFDK), soruşturma kapsamında 7 oyuncuya hak mahrumiyeti cezası verdi. Bu oyuncuların yokluğu, kulübün saha içi kadro sıkıntısını derinleştirdi. Daha önceki mali sorunlar ve deprem kaynaklı altyapı sıkıntılarıyla birleşen bu durum, Yeni Malatyaspor’un 12 maçta yalnızca 2 puan toplamasına ve -43 puanla ligin son sırasında yer almasına yol açtı.
Sonuç olarak; Adanaspor deplasmanına çıkamayan kulüp hükmen 3-0 mağlup sayıldı, ardından Isparta 32 Spor karşılaşmasına da sahaya çıkamadı. Kurallara göre bir sezon içinde iki maça çıkmayan takım, otomatik olarak ligden düşürüldü. Böylece Türkiye futbolunun Süper Lig efsanelerinden biri, geri dönülemez bir düşüş yaşayarak alt lige geriledi.