22 Mayıs 1970 tarihinde Mersin'de dünyaya gelen Ayberk Pekcan, çocukluğunu ve gençliğini Adana ve Mersin'de geçirdi. İlk ve orta öğrenimini Adana'da, Liseyi Mersin'de okuduktan sonra Mersin Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi Sahne Sanatları Bölümü Tiyatro Ana Sanat Dalını bitirdi. Daha sonra İstanbul'da oyunculuk kariyerine başladı.
Ihlamurlar Altında, Yaprak Dökümü, Kurtlar Vadisi ve Keşanlı Ali Destanı adlı televizyon dizilerinde ana rollerde oynadı. 2010 yılında başrolünde oynadığı Saç adlı sinema filmi ulusal ve uluslararası Film festivallerinde ödüller aldı. 2012 yılında gösterime giren Aşk ve Devrim adlı sinema filmindeki performansıyla 23. Ankara Uluslararası Film Festivalinde en iyi yardımcı erkek oyuncu ödülüne layık görüldü.