Kafein, çay ve kahve ile bağdaştırılsa da aslında çikolatada da az miktarda bulunur. Kafeinin merkezi sinir sistemi ve kalp üzerinde uyarıcı bir etkisi vardır. İnsanların zihinsel faaliyetlerini hızlandırır ve uyanıklığını artırır. Ancak bazen baş ağrısına da neden olabilir; hatta damarlarda daralmaya yol açabilir.
Teobromin, kakao çekirdeğinin içinde bulunan maddelerden biridir. Sinir sisteminde zayıf bir uyarıcılığı vardır ve tüketildiğinde vücutta kısa bir süre kalır. Teobromin, çikolataya acı tadını vermekten sorumludur. Fazla tüketimi insana rahatsızlık verebilir ancak çikolatada az bulunduğu için bu ihtimal anca çok çikolata yerseniz geçerli olur.
Fenollerin bir antioksidan görevi görerek kalp hastalığına karşı koruduğuna inanılır. Bir kare sütlü çikolatada, bir bardak kırmızı şarapla aynı miktarda fenol içerir. Hatta bitter çikolata daha da fazlası vardır. Yani bitter çikolatalar kap hastalıklarına iyi geliyor diye boşuna demiyorlar.
Çikolata feniletilamin içerir ve bu madde kan basıncını ve kan şekerini yükseltir. Sonuç olarak, kendimizi daha uyanık hissederiz ve bize iyi olma ve memnuniyet duygusu verir. Feniletilamin 'aşk ilacı' olarak bilinir ve çikolatanın afrodizyak olarak sayılmasının nedeni de budur. Aşık bir kişinin beyin kimyasını taklit eden bir kimyasaldır, bu nedenle vücuttaki feniletilamin seviyeleri yüksek olduğunda, platonik aşktan kaynaklanan depresyonu giderir.
Çikolata, beyinde üretilen anandamid olarak bilinen bir madde içerir. Sanskritçe “ananda” kelimesi mutluluk, sevinç ve zevk gibi anlamlara geliyor. Bu kimyasal, esrarın doğal bir sarhoşluk vermesine benzer ve kendimizi iyi hissetmemizi sağlayan bir reaksiyonu tetikler. İnsanlardaki etkileri görecelidir. Ağrı algısını azaltır, zaman algısını değiştirir, geçici bir iyi olma hissi yaratır.
Serotonin, bizi rahatlatan ve sakinleştiren Prozac'a benzer bir etkiye sahiptir. Vücut üzerinde pek çok etkisi vardır. Nöronları uyarır, sindirimde hareketlenme yaratır, rahim gibi düz kasların kasılmasını sağlar ve kişinin kendisini iyi hissetmesini sağlar. Vücuttaki serotonin miktarı azaldığında insan tatlı yiyecekler aşermeye başlar.