Tito'nun 1980'de ölmesiyle Yugoslavya'da aşırı milliyetçi söylemler yeniden sahneye çıktı. O yıllarda ceza kanununa 'ifade suçu' da eklendi.
Aliya İzetbegoviç, yazdığı 'Doğu ve Batı Arasında İslam' isimli eseri yayınlanmadan hemen önce, 1983'de beraberindeki 12 Müslüman aydınla tutuklandı.
'Saraybosna Süreci' olarak adlandırılan dava başladı.
Aliya ve diğer Müslüman aydınlar, ifade suçundan ve organize örgüt kurarak düşmanca faaliyette bulunmaktan suçlu bulundu. Aliya'nın mahkumiyet kararı, 'İslam Deklarasyonu' isimli kitabındaki ifadelerine dayandırıldı.
Aliya, 14 yıl hapse mahkum edildi.
Hapiste geçirdiği dönemde de yazmaya devam eden Aliya, 'Özgürlüğe Kaçışım-Zindandan Notlar:1983-1988' isimli eserini burada kaleme aldı.
Aliya, 1988'de afla serbest kaldı.
Aliya İzetbegoviç, 1990'da kurulan ve bugün de Bosna Hersek'teki Boşnakların en büyük partisi konumundaki Demokratik Eylem Partisinin (SDA) ilk genel başkanı seçildi. SDA, ilk çok partili seçimde ülkede en çok oyu alırken, Aliya da Yugoslavya'daki 6 sosyalist cumhuriyetten biri olan Bosna Hersek'in başkanı oldu.