1964 yılında Ürdün'ün elinde bulunan Doğu Kudüs'te 'Birinci Filistin Kongresi' toplanarak burada Filistin Kurtuluş Örgütü'nün kurulması kararı alındı. Bu kuruluş kararının yanı sıra 33 maddelik Filistin Misakı da kabul edildi. Misak'a göre İngiliz Mandası altındaki Filistin toprakları Filistin'in anavatanı olarak kabul ediliyor, 1917'den önce Filistin topraklarında mukim Yahudiler de Filistinli olarak kabul ediliyordu. Misak'a göre 1947 yılında yapılan taksim ve İsrail Devleti'nin kuruluşu geçersiz sayılıyordu. Kongre'nin öngördüğü silahlı mücadeleyi yürütmek amacıyla gerillalardan oluşan bir askeri teşkilat olan El Fetih de kuruldu.
1966 yılında Suriye'de yaşanan darbeden sonra, Baas rejimi El Fetih'i güçlü bir şekilde destekledi. Suriye topraklarından hareket eden El Fetih güçleri İsrail topraklarına saldırılara başladı.
İsrail'in BM'ye yaptığı tüm şikayetler semeresiz kalınca İsrail yönetimi 'misliyle mukabele' stratejisini kabul ettiğini açıkladı. Buna göre İsrail El Fetih tarafından yapılan her saldırıya karşı mümkün olan en ağır silahlarla ve en ağır şekilde cevap vermeye başladı. Ocak - Nisan 1967 tarihleri arasında çatışmalar tank, top hatta uçakların katıldığı ağır bir noktaya doğru seyretti.
16 Mayıs tarihinde Mısır güçleri 1956 yılından beri BM denetiminde olan Sina'ya girmeye başladılar. Şarm El Şeyh ve Gazze'de bulunan BM güçlerinin çekilmesini istediler. 19 Mayıs tarihinde BM askerleri bu noktalardan çekilince Mısır bu bölgenin kontrolünü aldı.
26 Mayıs tarihinde Mısır Başkanı Cemal Abdül Nasır yaptığı bir konuşmada 'Eğer savaş gelecek olursa, bu topyekün bir savaş olacaktır. Hedefimiz İsrail'i tamamen yok etmektir' diyecekti.
Mısır 30 Mayıs'ta Ürdün ile bir savunma anlaşması imzaladı. 4 Haziran'da Irak bu anlaşmaya taraf olarak katılırken Nasır bir konuşma daha yapıyor 'Savaşın başlamasını şiddetle arzu ediyoruz, bu savaş bütün dünyaya Arapların da İsrail'in de ne olduğunu anlatacaktır' diyordu.
5 Haziran 1967 günü saat 7.30'da İsrail uçakları Mısır, Suriye ve Ürdün havaalanlarını bombalamaya başladı. Mısır'a yapılan saldırıda İsrail uçakları Mısır radarlarına yakalanmamak için Akdeniz üzerinden çok alçakta uçuş yaparak Mısır'ın batı sınırına ulaştılar ve saldırılar batıdan gerçekleşti. 16 Mısır havaalanı kullanılamaz hale geldi. 280 Mısır uçağı, 52 Suriye uçağı ve 20 Ürdün uçağı tamamen tahrip edildi. Hava üstünlüğünü eline alan İsrail sonraki günler Arapların kara birliklerine karşı da büyük bir üstünlük kurdu. İsrail 3 gün içerisinde Sina'yı ele geçirdi, 7 Haziran akşamı İsrail Birlikleri Port Tevfik'e kadar ulaştı. Mısır 8 Haziran günü İsrail ile ateşkesi kabul ederek İsrail kuvvetleriyle barış yapmak zorunda kaldı.
Ürdün 7 Haziran günü Nablus muharebesini kaybedip Batı Şeria'yı kaybetmesini takiben İsrail ile ateşkesi kabul etti.
İsrail Kuzey'de Suriye karşısında da büyük bir üstünlük kurdu. İsrail birlikleri Golan tepelerini ele geçirmesinin arkasından Şam'a doğru harekatlarına devam ettiler. 10 Haziran günü Sovyetler Birliği ABD'ye İsrail'in askeri harekatı durdurulmazsa 'askeri harekat' da dahil gerekli tedbirleri alacağını bildirdi. Aynı tarihte İsrail Birlikleri Şam'a 65 km mesafedeki Kuneitra'ya girmiş bulunuyoordu. ABD'nin müdahalesiyle İsrail birlikleri burada durdu ve saat 16.30'da İsrail ile Suriye arasında ateşkes ilan edildi. Böylelikle 6 gün savaşları bitmiş oldu.