12 Nisan 1945'te Franklin Delano Roosevelt öldü ve yerine Devlet Başkanlığı'na getirilen Truman, atom bombası saldırılarının zaman ve mekânını seçme işlemlerini başlattı. 27 Nisan 1945'te düzenlenen Hedef Tetkik Komitesi'nin ilk toplantısında 17 bölge incelemeye alınmak üzere seçildi.
Hedef Adayların Kriterleri
Kent merkezi'nin çapının 4,8 kilometreden fazla olup merkezin etrafında da yerleşim bölgelerinin varolması.
Tokyo ile Nagasaki arasında (Tokyo'nun batısı ve Nagasaki'nin doğusu) bulunan şehirlerden olması.
28 Mayıs 1945'te atılacak olan Atom bombası'nın etkisini ölçebilmesi maksadıyla seçilen dört kente herhangi hava saldırı yasaklandı. Bunun yan etkisi olarak 'Oraya hava saldırı yok.' söylentileri yaratıldı ve milletin oralara yapılan yoğun göcün sebebi oldu.1 Haziran 1945 tarihli toplantısında Hedefin imajı olarak 'Etrafında işçi evlerinin bulunduğu Askerî Sanai Bölgesi'nden bahsedildi ve atom bombasını atmadan önce herhangi ikazın edilmeyeceği kararlaştırıldı
14 Haziran 1945'te Tokyo ve Yokohama hedef adaylarından düşürülerek yerine Nagasaki seçildi.
25 Temmuz 1945'te Truman son emrini verdi. Ona göre 'Özel Bomba' 3 Ağustos 1945 tarihten sonra gözle görerek atması mümkün olduğu günü seçerek Hiroşima, Kokura, Nagasaki ve Niigata'dan birine karşı atılacaktı. 2 Ağustos 1945 tarihli '13. Stratejik Emri' ile Niigata hedeften çıkarıldı ve birinci Hedefi: 'Hiroşima ve onun sanai bölgesi', ikinci hedefi: 'Kokura Silâhanesi ve onun şehir merkezi', Yedekte üçüncü hedefi 'Nagasaki'nin şehir merkezi' olarak kararlaştırıldı.