Son dönemde Davutoğlu ile Erdoğan arasındaki görüş ayrılıkları daha da sık yaşanmaya başladı. Bunlardan biri, imzaladıkları bir bildiri ile PKK’ya yönelik operasyonları 'biz bu suça ortak olmayacağız' diye eleştiren akademisyenlerin tutuklu yargılanmalarıyla ilgiliydi. Başbakan Davutoğlu, 29 Mart 2016 tarihinde yaptığı açıklamada akademisyenlerin tutuksuz yargılanmasından yana olduğunu söyledi.
'Ben prensip olarak hüküm verilene kadar eğer herhangi bir hukuki zorunluluk yoksa, insanların tutuklu yargılanmalarına karşıyım. Sonunda beraat olursa, özgürlüklerin kısıtlanması geri ödenemeyecek bir haktır. Bana en büyük cezayı versinler, ama konuşma, yürüme özgürlüğümü elimden almasınlar. 28 Şubat’ta baskılar yaşamış bir akademisyen olarak söylüyorum: Düşüncenin hiçbir türüne sınır getirilmesini kabul edemem.'
Konuyla ilgili sık sık değerlendirmelerde bulunan Cumhurbaşkanı’nın bu konuyla ilgili bakışını dile getirdiği bir açıklamalarından biri ise 5 Nisan 2016’da oldu.
'Bakıyorsunuz son zamanlarda, ‘akademisyen olduğuna göre tutuksuz yargılansın’ deniyor. Ne demek, suçluysa, eğer yargı buna hükmettiyse o da tutuklu yargılanacak. Akademisyen görünümlü destekçi, gazeteci kimlikli casus, siyasetçi kılıklı eylemci, memur ünvanlı milis olarak, terör örgütünün emrine girenlerin elinde silahı, bombası olan teröristlerden hiçbir farkı yoktur. Yine kuzu postuna bürünmüş sırtlanlar da terör örgütü mensuplarıyla aynı amaca hizmet ediyorlar. Bu konuda da milletçe dikkatli olmalıyız.'
" Hala "berat'ı başbakan yaparsa çok belli olur" diyen var. lan daha ne belli olacak, alnına mı yazsın adam "buralar hep benim" diye? "
Mhp'nin işgüzarlığı,Chp'nin atatürkle alakasının kalmaması ve hdp'nin pkk partisi olmasından dolayı muhalif seçmenin oy verecegi bir parti kalmadı.Davutoglu kursun parti verelim oylarımızı.Tabi buraya yazması kolay.Tayyip erdogan öyle bir sistem kurmuş ki,kendisini tehlikeye atma olasılığı yüzde 1 bile olan herkesi anında siliyor.Türkiye'nin gelecegi için endişe verici
yüzüklerin efendisinde yiyecek bişey bulamayınca birbirini yiyen orklara benziyorlar